临床细菌实验室的主要工作是从临床标本中分离出病原菌并进行准确鉴定，同时指导临床合理应用药物，为临床诊断、治疗、预后和流行病学调查以及医院内感染的监控提供可靠的依据。绝大多数标本中不仅仅分离出一种细菌，并不是所有分离到的细菌都要逐一进行鉴定。另外，鉴定细菌的试验项目及方法很多，对一种细菌的鉴定也不需要做所有的试验。所以，对于不同来源的标本了解应该鉴定哪些细菌以及鉴定到何种程度，选择哪些必要的试验项目，对正确地完成细菌鉴定工作是十分必要的。
一、诊断对象和诊断目的
感染性疾病病原菌的种类不断发生变迁，过去威胁人类的传染病如鼠疫、霍乱、白喉等已明显减少，相反，由条件致病菌引起的内源性感染却明显增多。同时，新的病原菌不断出现，原有的病原菌因变异、耐药等又重新流行。目前，医院临床实验室遇到的主要是条件致病菌，它们在机体抵抗力下降，菌群失调或天然屏障防御功能被破坏时引起感染。正常菌群与国家医学网病原菌的致病性差异是相对的，既不要轻易认为从病人标本中分离出的非致病菌是污染菌，也不要轻易认为所发现的细菌就是该感染的病原菌，必须结合临床进行进一步的诊断。
了解标本来源，有助于对病原菌的正确诊断。机体的某些部位是无菌的，如检到细菌即可视为病原菌，如血液、脑脊液、骨髓等。对于存在正常菌群的部位，应区别标本中是致病菌还是常居菌群的污染，如痰标本，咳出时必经过存在大量正常菌群的口咽部，了解口咽部常居菌群的种类对正确挑选致病菌是必要的。一种细菌鉴定到哪一水平，取决于诊断的目的。
1．以疾病的病原学诊断为目的
一般情况下只需鉴定到细菌的种，必要时再进一步鉴定。
2．为提供治疗方案为目的
可以进行临床标本的直接药物敏感试验，还可根据分离出病原菌的种类直接提供选择抗生素的范围和种类。因为不少细菌对某种药物有天然耐药性，如肺炎克雷伯菌对氨苄青霉素耐药，洋葱伯克菌对庆大霉素耐药。由于细菌耐药性的产生及变迁，使传统上对某一细菌首选敏感药物却成为耐药性最强的药物，如M RSA 对青霉素的耐药。基于此种情况，临床上对分离的病原菌都要作进一步的药敏试验，以期提供更可靠的治疗方案。
3．以作流行病学研究为目的
必须对病原菌做进一步的鉴定，往往要鉴定到型（血清型或基因型) 的水平。只有这样才能明确传染源的所在。
4．以了解细菌与感染的关系为目的
一种类型的感染可以由不同种细菌引起，一种细菌也可以引起多种类型的感染。现已知以前那些曾经被认为不致病的细菌在某些情况下会引起人体的感染。要了解这类细菌的致病性，必须进行细致的鉴定。
二、诊断试验选择
鉴定一个细菌，尽可能用一个菌落做全部鉴定试验。如果一个菌落不够，应考虑采用纯培养，即挑取单个菌落接种于斜面培养基，经过培养即可获得大量纯培养物。
对一株细菌准确鉴定应综合多种特性进行分析。但临床实验室每天要处理大量标本，且由于经济原因不可能做很多种试验，进行全面分析鉴定，因而需要选择一些合理的试验项目用于常规检测。挑选试验应以既能完成病原学鉴定又使试验项目尽可能少而快速为原则。
1．选择有鉴定价值的试验
要对两种细菌进行鉴别，须选择一项两种菌呈现绝然不同结果的试验，即一种菌呈现阳性（阳性反应的菌株阳性率须大于90 ％)，另一菌为阴性（阴性反应的菌株阳性率应小于10 ％)，这项试验才有鉴定价值。否则，就没有鉴定价值。比如，在肠杆菌科鉴定中，选用苯丙氨酸试验可将变形杆菌属与其他菌分开，选用葡萄糖酸盐试验将克雷伯菌属与其他菌分开，而选蔗糖、麦芽糖等试验几乎无价值。
2．选择简易、快速、方便的试验
①鉴定一种细菌可能有多种特异的方法，没必要逐一进行试验，只选其中一或两种达到目的即可，多选无意义。如金黄色葡萄球菌凝固酶试验、耐热D N A 酶试验、甘露醇分解试验均阳性，只选较简单的凝固酶试验就足够了。② 选择操作简便、快速的方法。如鞭毛染色、触酶、氧化酶、血浆凝固酶试验及一些微量方法，这样既省时又经济。③选用复合培养基，一次操作可同时看几个生化反应， 如克氏双糖铁（KIA )，动力靛基质脲酶（MIU)等。如此可简化操作，节约人力物力。
3．综合考虑试验的敏感性和特异性
敏敏感性＝所有阳性结果数／所有感染病人数， 试验敏感性越高，假阴性结果就越少。特异性＝阴性结果总数／未感染病人总数，特异性越高，假阳性结果越少。试验的敏感性和特异性是相互联系的，试验的敏感性增加，会使特异性下降，反之亦然。
三、常用诊断流程
完成一个细菌的鉴定要做多项试验，将结果与医师招聘网已知的细菌特性进行比较，才能最后确定。在选择试验项目以及分析试验结果时应遵循一个合理且思路清晰完整的思维模式，避免不必要的重复，少走弯路。因此，在临床细菌鉴定中常借用一些简便的流程和方法。
1．双歧索引
在细菌的鉴定中经常选用的方法。主要针对那些相互区别比较容易，有较特殊特征的细菌。双歧索引是表明鉴定思路的一种流程，使用起来非常方便。如革兰阴性杆菌初步分群的鉴定流程（图1)。
对于相互区别较难的细菌，鉴定项目较多，双歧法会很繁琐，用起来不太方便。
2．表解法
将各种细菌及其多种特性列成矩阵表格，使相互的区别点十分明显， 便于分析比较。此法对于相互区别比较复杂的细菌，如肠杆菌科的初步分属（表58 －1)。
表1 肠杆菌科初步分属
3．数字编码鉴定法
编码是即将所得生化反应模式转化成数学模式，可以把某一细菌的全部生化反应结果转化成数字，经查阅检索手册又可将该数字转化成细菌名称。编码的原则是：鉴定细菌的各种微量生化反应管组成系列试剂，将生化项目排序并依次进行分组，每组中的每个试验都有其一个数值代码。试验阳性时结果用其数值代码表示，试验阴性时结果则用0 表示，将每组中各试验结果加起来得一总值，这样按顺序各组总值组成的数码组合，即为检索编码。查编码手册，该编码所对应的细菌名称即为鉴定结果。如表2 所示肠杆菌科细菌生化编码鉴定。
表2 肠杆菌科细菌生化编码鉴定表
根据试验结果判定数码组合为13766 ，查编码手册， 即可找到对应的细菌。数字编码鉴定已有商品成套供应，由于操作简单，鉴定方法易于掌握， 被临床实验室广泛采用；而且这种数码分析与电脑分析软件配套，形成了半自动或全自动细菌分析系统。
