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畜禽肠道菌群是在长期进化过程中形成的，并与畜禽保持相对平衡稳定状态，对畜禽生长发育和抵抗疾病具有重要意义，一旦平衡失调，便会出现生产性能下和疾病状态。正常情况下，动物肠道内优势种群为厌氧菌，占99%以上，其中主要包括拟杆菌、
双歧杆菌、
乳酸杆菌、消化杆菌、优杆菌等；而需氧菌及兼性厌氧菌只占1%。如该优势种群发生变化，上述专性厌氧菌显著减少，面需氧菌和兼性厌氧菌增加，此时使用微生态制剂，拟杆菌、双歧杆菌等优势种群可逐渐恢复正常，而需氧菌和兼性厌氧菌等逐渐降低，从而恢复肠道菌群平衡。
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