根据教育部部署，山东大学从2008年入学的研究生开始实施研究生培养机制改革。研究生培养机制改革的核心是建立以科学研究为主导的导师负责制和资助制，促进研究生教育与科学研究的紧密结合，实现研究生教育资源的优化配置，提高研究生学习、研究和生活条件，构建研究生教育质量的长效保障机制。此次改革不涉及增加研究生录取类别及收费政策的变动，不增加自筹经费研究生的比例和收费标准。2007年，山东大学硕士研究生的公费比例超过了87%。预计，2008年硕士研究生的公费比例会更高。
学校将统筹各种资源，构建新的研究生奖助体系。实施研究生培养机制改革后，除单位委托培养的研究生外，研究生助研奖学金的数额和受益面将得到大幅度提高。增加设立“三种经历”奖学金，鼓励研究生进行第二校园学习、海外学习和社会实践；设立优秀研究生奖学金，对表现优异的研究生给予奖励。
校设奖学金：最高的是校长奖学金5000元/人，2006年度共有60人受到此奖励。最低的是校优秀研究生干部奖学金，500元/人，2006年度约有250人获奖。其余还有六项奖学金为1000元/人至2000元/人不等。
社会奖学金：2006年，有2人获中国科学院奖学金10000元，10位硕士生获华藏奖学金1000—1200元，有64位硕士生获光华奖学金1500—2000元，10位硕士生获浦东发展银行奖学金5000元，55位硕士生获将军集团奖学金3000元，15位硕士生获小松中日奖学金2000元。此外还有部分学生获得4000——10000元的IBM中国优秀学生奖学金以及中国惠普优秀学生奖学金。医.学.全.在.线www.med126.com
此外，山东大学作为国家留学基金委“国家建设高水平大学公派研究生项目”的实施院校之一，从2007年到2011年，山东大学每年将派出至少100名研究生赴国外高水平大学攻读博士学位或进行博士生联合培养。山东大学还设立了“研究生海外留学基金”，资助研究生到国外著名高校进行联合培养，2006年资助66人。
