为了提高博士研究生招生质量，加强对考生综合能力的考核，2013年复旦大学放射医学研究所博士研究生招生继续试行考试-申请制。要求考生提供必须的材料以证明自身的水平。具体要求及程序如下：
（一)报名资格
须符合《复旦大学2013年招收攻读博士学位研究生简章》上规定的报考条件。
（二)申请程序
在网上报名的同时，须向放射医学研究所提交以下材料：
①考生简历（基本情况及从大学学习开始的学习和科研经历)；
②大学毕业证书、学位证书复印件及大学期间学业成绩证明（须授课单位盖章)；
③硕士研究生毕业证书、学位证书复印件（应届生暂缓)及硕士研究生期间学业成绩证明（须授课单位盖章)；
④硕士学位论文全文一本（应届生提交论文主要结果和详细摘要)；
⑤有关科研成果、专利、发表论文等复印件；
⑥其他由学校及大学以上机构授予的各类奖项证书复印件；
⑦国家大学英语四或/和六级证书的复印件；
⑧两位与报考专业相关的正高职称的专家签字出具的推荐信；
⑨根据招生目录上拟报考导师的研究方向，撰写一份至少2000字的拟攻读博士学位研究生的科学研究计划书。
（三)材料审核
放射医学研究所进行形式审查。符合要求的材料递交导师审核,由导师向放射医学研究所招生领导小组提出复试名单。放射医学研究所招生领导小组根据考生的学术背景、硕士研究生期间的工作、综合能力、专家推荐以及博士期间的科研工作计划，对考生按招生专业进行打分、排序，经放射医学研究所招生工作领导小组确认后报校研究生招生领导小组审批，获准后直接通知考生本人。
（四)参加学校统一组织的英语考试，成绩须合格。
