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南京大学医学院的前身为中央大学医学院，1987年作为国家教委直属的第一所综合性大学医学院经国家教委批准重建。现设基础医学，临床医学（七年制）二个专业及药物研究所。
医学院凭借南京大学雄厚的基础学科，以历史悠久、设备完善、医疗技术精湛、教学力量雄厚的南京市鼓楼医院及南京市口腔医院作为附属医院，南京军区南京总医院作为临床学院，并以南京市各专科医院为教学医院。发挥学科全、师资力量强、医疗水平高、仪器设备先进、图书资料丰富、国际学术交往多的优势。作为教育部直属重点综合性大学医学院，学制七年，培养基础扎实、专业精深和具有充分的临床实践，能从事基础和临床医学研究与医疗的高级人才。
医学院现有从事基础医学和临床医学的教授、副教授171名（含兼职），他们中既有中国工程院院士，博士生导师黎磊石教授、黎介寿教授等我国著名的医学科学家，又有近几年来在医学界崭露头角的一批中青年专家。医学院尤其注重加强基础和学生思维能力以及外语水平与计算机应用的培养和训练，教学内容反映近代水平，并开设大量与现代医学理论和临床有关的选修课，使学生具有广博而坚实的生命科学和自然科学基础，又掌握本学科的现代理论和必要的临床实践知识。 医学.全.在.线网站www.med126.com
医学院注重医学基础，发展边缘学科，加强临床教学。现有生理学、肾内科、普外科博士点及博士后流动站，组织胚胎学、细胞生物学、微生物学和免疫学、心血管病、消化系病、肾病、影像医学与核医学，普外科、骨外科、泌尿外科、胸心外科、肿瘤学等硕士点，培养基础和临床学科的硕士研究生。
临床医学七年制学生在完成本科阶段学习后，经过考核后可直接进入研究生阶段继续深造，合格者获得硕士学位，优秀者可提前直接攻读博士学位。
建院十多年来，已培养五届毕业生一百多名硕士毕业生，除少数出国深造或继续攻读博士学位外，大多数在全国各地城市大医院中从事临床工作，这些毕业生在工作中都有较好的表现，深得用人单位好评，其中一部分在业务上已有所建树或成为所在单位的骨干
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