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不可能直接在原始图片上做上述修改，一般都要将若干张图片或图片的部分在一张画布上进行分布，需经过 素材收集—拼合—标注 等步骤，因此在这里称之为拼图。此步在获得原始图片之后进行，完成后再参照第一部分作修改。
1 素材收集
左手边悬停的快捷工具面板上选择 选框工具（按扭右下角有扩展三角)，选择所要的区域，图像/裁切，再将图片另存。注意框选的方式有三种，在菜单栏下的那一行（工具定义栏)，样式：下拉框中：正常；固定长宽比；固定大小。为了避免在一张拼图中出现不同的放大倍数，一般选择固定大小。若需要显示不同的放大倍数，则分别作不同的bar对应。
2 拼合
打开一张图片，图像/画布大小，弹出窗口中修改长宽值将画布铺开。可以参考原来的图像，将长宽按倍数放大并略加大些作为分割白条，不必求精确，多余的空白部分可以最后裁掉。下来排布各部分：矩形选框，框中需移动的部分，快捷工具面板切换到 移动工具，移动选中部分到位置，打开需拼合在一起的其它图片，直接用移动工具将它们拖拽到画布上。各部分都以层的形式存在，因此要移动，必须选中相应的层，否则会报告出错。层的选择在右手边 图层/通道/路径 面板。各部分拖动到合适位置后，图层/拼合图层（做此步之前请仔细检查确认，一旦拼合不满意则可undo)，再将多余的白边裁切掉。
3 标注
标注的内容主要包括bar条、箭头等突出符号、编号等。
1)bar条
利用Photoshop作bar条，需要采集和原始照片同等放大倍数下的标尺照片。这可以通过在不同放大倍数的物镜下拍摄游标卡尺的标准刻度来做到，注意游标卡尺的厚度应与样品的厚度一致，可通过加垫片来解决。同时打开样品照片和标尺照片，在较大的比例缩放下，用矩形选框工具仔细选择一段标尺，将此框移到样品照片上，右键选择填充黑色，将此bar层移到合适的位置后合并图层。注意bar的放大缩小必须于图片同时等比例，否则将失去意义。时间bar一般由采样软件给出，在此就不讨论了医.学.全.在.线www.med126.com。
2)箭头
Photoshop中绘制箭头可能较其它一些专业的图像分析软件烦琐一些。在左手边的快捷键面板上选择 自定义形状工具（有的显示为 直线工具，按扭右下角扩展三角中可改变)，菜单栏下的工具定义栏中 形状：下拉框中可选择三种不同形状的箭头，选中后在图片窗口中拖动就可画出箭头。不过这三种箭头的形状不是惯常的形状。最常用的三角、燕尾、平脚箭头可以用另一方法画出：点选 直线工具，点右边的下拉小三角出现箭头参数选单，勾选箭头位置（不勾则划直线)，宽度、长度、凹度分别为500%、500%、0时可画出三角；500%、1000%、25可画出燕尾；500%、1000%、0可画出平角。画出的箭头都分别占一层，可各自移动到合适位置，要删除也可用删除层的方法，排列合适后拼合图层。箭头用来突出显示需要读者注意的地方，也可用其它方式，如加框等，这些都可以用Photoshop方便的完成，这里就不赘述了。
3)编号
利用左手边的快捷键面板上的 文字工具 可以方便的添加文字及字母，点扩展三角还可以选择横排文字还是竖排。建议英文字体选择 Arial，较Times New Roman更清晰。编号、坐标值等文字信息可以放到修改图片大小及分辨率之后做，可避免文字变得不清晰，也可防止有时单调长或宽而使文字变瘦长或矮胖。添加的文字也单独成层，最后注意拼合图层。
