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3.5、收录期刊数量不同
《总览》核心期刊表收录期刊总数1798种，其中生物科学类44种，医药卫生类223种。《统计源期刊》收录期刊总数1576种，其中生物科学类51种，医药卫生类423种。223种生物医学期刊既是《总览》中确认的核心期刊，又是统计源期刊。两者在特种医学、耳鼻咽喉、皮肤、神经病学与精神病学、肿瘤学、儿科、妇产科、口腔医学、外科、皮肤与性病等学科类目中所收刊种完全一致。
3.6、出版周期不同
《总览》每4年出一新版，出版时间比数据统计大约滞后2.5年，反映期刊变化不够及时。《统计源期刊》每年更新，能够较快反映期刊发展动态医.学全.在.线网站www.med126.com。
3.7、对综合性学科与边缘性、交叉性学科期刊评价效果不同
由于《总览》是分学科评价的，因此综合性和交叉学科期刊会因为刊载的论文学科分散而难以进入核心期刊表。2000年版开始通过增加综合性学科类目，将综合性期刊分散在各学科的数据汇总一起进行评价，产生综合性核心期刊表，较好解决了综合性期刊问题。但边缘性、交叉性学科的优秀期刊进不了核心区的问题仍未能很好解决。
《统计源期刊》选择入选期刊时给新兴学科和高技术学科一定考虑，并适当照顾期刊的地区性。因此诸如《中华男科学》、《颈腰痛杂志》、《循证医学》、《中华航海医学与高气压医学杂志》、《中华老年多器官疾病杂志》、《听力学及言语疾病杂志》等边缘性、交叉性学科期刊能入选统计源期刊。
四、注意合理使用
核心期刊与统计源期刊均采用定性与定量相结合的评价方法，对学术期刊评价比较客观公正，从而成为国内目前比较公认的期刊评价工具。但核心期刊与统计源期刊只是一种相对统计的概念，没有完全绝对的量化指标，其研究成果可以作为评价学术研究成果的参考工具，可以作为读者投稿的参考工具，但如果作为衡量论文水平的绝对标准来用，就可能发生谬误。从个体角度看，发表在核心期刊或统计源期刊上的论文未必每篇学术水平都高，而发表在非核心期刊、非统计源期刊上的文章未必每篇学术水平都低，应该根据评价项目具体情况请学科专家来评价论文本身学术价值。因此，使用两种期刊表时应避免因片面夸大其作用而带来的不良影响。
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