方阵期刊共有1518种，是从我国2000年的8725种期刊中，按照期刊方阵的具体思路，严格选拔出来的，它的结构状况标示着今后我国期刊发展的基本格局。
一、梯形层状分布 分工负责管理“中国期刊方阵”由1518种期刊组成，占2000年全国期刊总数的17.40%；它分四个层面，其结构呈梯形层状分布。
第一层面为“双效”期刊，共1154种，占全国期刊总数的13.23%，占方阵期刊总数的76.02%。。这是以8725种期刊为基数按照10~15%的比例选取出来的，是社会效益、经济效益好的期刊。作为方阵的基础，它通过各省、自治区、直辖市和中央部委评比产生。
第二层面为“双百”期刊，192种，占全国期刊总数的2.20%，占方阵期刊总数的12.56%。这些期刊是从两年一届的“百种重点社科期刊”、“百种重点科技期刊”中产生的，充满活力和竞争力，是中国期刊方阵的中坚医学全在线www.med126.com。
第三层面为“双奖”期刊，107种，占全国期刊总数的1.23%，占方阵期刊总数的7.05%。这些期刊是获“国家期刊奖”、“国家期刊奖提名奖”的期刊，“基本上是大刊名刊，具有较强的自我扩张能力，它们实际上已经是国内的名牌期刊” ，国家鼓励它们利用期刊品牌效应，通过兼并等形式，形成品牌系列期刊。
第四个层面为“双高”期刊，即高知名度、高学术水平的期刊，共65种，占全国期刊总数的0.75%，占方阵期刊总数的4.28%。这由我国当前示范性的名刊大刊组成，大多在社会或学术界影响巨大，在国际期刊界和科技学术界也有一定地位。它是方阵的最高层面和核心，也是我国期刊实施“走出去”战略，创建世界名牌期刊的基础。
新闻出版总署对于方阵建设，实行“分工负责制”和扶持发展的政策。“双效”层面由新闻出版署制定统一标准，把指标分解到地方和中央的有关部门，由各省、自治区、直辖市和中央有关部委负责，自己采取优惠政策，来支持这部分期刊做大做强，在此基础上形成更多的名刊大刊。“双奖”和“双百”层面是相对变动，新闻出版总署规定每两到三年滚动评比一次。“双高”是在中央宣传部的领导下，由新闻出版总署会同科技部共同负责，重点进行建设；国家将进一步加大这一部分的调控力度和优惠政策的扶持。 这样的管理方式，有利于调动中央和地方的积极性，有利于把有限的资源投入到发展前途广阔的优秀期刊中，从而进一步推动我国期刊结构调整、提升期刊整体实力。
