由食物中吸收的氨基酸和机体组织蛋白降解生成的氨基酸混合在一起，最主要的去路是重新合成蛋白质和多肽，此外也参与合成其他含氮的化合物，如核苷酸、某些神经递质、一氧化氮等。
蛋白质是生命的运动形式，构成生命的主体。首先蛋白质构成机体的主要成分，蛋白质占人体干重的一半以上；其次，机体内诸多具有活性的成份都是蛋白质，如激素、抗体、酶等等；此外蛋白质还可以参与氧化供能，每克蛋白质氧化后大约可产生4Kcal的热量，不过对于杂食性的人类来讲，通过蛋白质供能只占总能量的很少一部分。（一般来说，蛋白质只有在如下三种情况下才可以发生氧化：
1、细胞中蛋白质进行正常的合成和分解作用时，分解出的氨基酸不能被利用，只能通过氧化供能的方式被消耗掉；
2、进食过多蛋白质食物后，由于氨基酸在体内不能被储存，过多的氨基酸只好通过氧化方式被降解；饥饿状态下，由于得不到糖类的能量供应，蛋白质会充当供能物质。
食物中的蛋白质按照必需氨基酸的种类和数量构成可分为完全蛋白、半完全蛋白和不完全蛋白。完全蛋白中必需氨基酸的种类齐全，数量充足，相互之间比例接近人体比值，既能保证人体正常生理需求，也能促进儿童的生长发育；半完全蛋白中必需氨基酸种类齐全，但相互间比例不合适，只能满足人体正常生理需求，不能促进儿童生长发育；不完全蛋白所含必需氨基酸种类不全，既不能满足人体正常生理需求，也不能促进儿童生长发育。总体来说，动物性食物中的蛋白多为完全蛋白，植物性食物中的蛋白多为半完全或不完全蛋白。
从理论上来讲，对于成年人每天摄入30克蛋白质就能满足生理需求，结合消化系数和安全系数后，建议成年人按照每公斤0.8克为宜，婴幼儿和儿童由于生长发育旺盛需相应提高，同时我国食物构成以植物性为主，成年人修订为每公斤1.16克，相当于占总能量的10-12%，儿童12-14%.
蛋白质不足或过剩均可对健康造成影响。蛋白质摄入不足在儿童体现更为敏感，通常分为两种情况：单纯蛋白质不足以水肿为特征（胶体渗透压降低)，并伴有虚弱、表情淡漠、生长迟缓、头发发育不良、免疫力低下等；蛋白质和能量同时不足以消瘦为主要特征。这两种情况常混合出现。蛋白质过剩同样对机体会造成危害。首先蛋白质常与胆固醇、脂肪混合存在，蛋白质摄入增加，后两者势必也随之增加；其次，蛋白质代谢产物（非蛋白氮)主要通过肾脏排泄，对肾脏，尤其是肾小管损伤加重；再次，蛋白质中硫元素含量较多，硫元素可促进骨骼中钙流失；最后因为肠道微生物的腐败作用，蛋白质会分解出许多致癌物，增加消化道肿瘤的发病几率。
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