1907年5月，德籍医师埃里希·宝隆博士等人创建上海德文医学堂。埃里希·宝隆任校长。校址设在上海白克路（今凤阳路）。
1908年改名为同济德文医学堂。
1912年增设工科。

1917年4月，改属华人私立学校，由华人董事会办学。同年12月，更名为私立同济医工专门学校。1922年由市区迁往近郊吴松镇。

1924年5月20日，经南京国民政府教育部批准，改名为同济医工大学。

1927年8月，由南京国民政府教育部接管，命名为国立同济大学，原医、工两科分别改名为医学院、工学院。1937年又先后增设了文、理、法等学院，从而成为一所多科性的综合大学。

1949年8月，同济大学校务委员会成立，唐哲任校务委员会常务委员兼医学院院长。1950年2月，中央人民政厅政务院决定，国立同济大学医学院及其附属同济医院内迁武汉，与武汉大学医学院合并，命名为“中南同济医学院”，由中南军政委员会卫生部主管。同年10月，300多名师生积极报名参加医疗队，为抗美援朝志愿军服务。

1955年8月更名为武汉医学院。
　
1985年学校更名为同济医科大学。
　
2000年6月25日，同济医科大学和华中理工大学、武汉城建学院合并，武汉科技职工大学（科技部管理学院）并入，组建华中科技大学。6月16日，成立华中科技大学同济医学院。