上海第二医科大学基础医学院成立于1989年5月，其前身为创建于1955年8月26日的基础医学部。经过多年的建设，学院已成为全校基础医学的教学、科研、师资培养以及社会服务的基地。
　　
　　学院现有21个教研室，同时设有生物医学工程系、药学系，联合国世界卫生组织免疫遗传学和免疫病理学合作中心、卫生部法语培训中心、上海市免疫学研究所、上海生物医学工程研究所、上海市生殖医学研究与培训中心、上海第二医科大学基因治疗中心、上海第二医科大学药物研究所和上海第二医科大学基础医学研究中心。

　　学院承担了培养各种学制（三、四、五、七、八年），各种专业(临床医学、口腔医学、临床医学法语班、生物医学工程、药学、医学检验、护理、公共事业管理等)，各种层次(专科、本科、七年制、研究生)和各种形式（全日制、夜大学）的基础医学教学工作。

　　学院现有市级重点学科1个, 211重点建设学科3个。自1984年以来，经国务院学位委员会批准先后建立了“生物医学工程学”、“基础医学”和“生物学”3个一级学科博士学位授权点，基础医学、生物学两个博士后流动站，10个二级学科博士学位授权点，13个二级学科硕士学位授权点。博士生导师30名，硕士生导师22名。
细胞生物学为上海市教委重点开放实验室，生殖生物学实验室为上海市科委重点实验室。
学院拥有大型仪器设备包括流式细胞仪、电子显微镜、激光共聚焦显微镜、细胞图象分析仪、核酸蛋白分析仪、色质联用分析仪等。

　　2001-2004年间，基础医学院获得的国家“973”和“863”项目经费总额1032万元，国家自然科学基金项目35项,经费总额685.5万元，上海市地方政府项目70项，经费总额1288.5万元。其间获奖科研成果３项，在ＳＣＩ收录杂志发表论文87篇。

　　学院现有教职员工399名，其中正、副教授112名。具有研究生学历的教师占教师总数的58.3%。教师中973首席科学家1人，国家教育部“长江特聘教授”1人，“长江讲座教授”1人，国家有突出贡献中青年专家3人，获国务院特殊津贴专家12人。