学院始终把科研工作放在重要位置，引导广大教师在搞好教学的同时，积极从事科学研究、科技开发、科技推广和科技服务。自1999年以来，学院大力开展了科研体制改革，实施了科研激励机制，完善和规范了科技工作的管理办法，调整了学校科技工作方向和研究重点，确立了“科教兴院”的发展理念，全院教职工参与科研的意识和积极性显著增强，参加科研人数达到专业技术人员的80%，科研立项和科研水平明显提高。科研以提高学术地位与学校竞争力为目标，瞄准国家经济建设、社会发展中的重大问题，面向地方经济建设主战场，以中医药新药研究与应用开发为重点，注重中医药基础与临床的紧密结合，加快中药现代化、产业化的研究。
目前，学院承担国家及部省厅局级科研课题400余项。其中国家“863”计划项目1项、“九五”、“十五”科技攻关项目14项，国家自然科学基金5项，教育部重点研究项目4项，国家中医药管理局攻关课题及诊疗技术项目19项，省重大科技攻关、自然科学基金、教育厅课题436多项。在重大项目申报方面我院先后有23人次在河南省杰出青年科学基金、省杰出人才创新基金、省高校杰出科研人才创新工程基金等重大项目中获得资助。近几年来，随着科技体制改革和科技拨款方式的改进，学院更新观念，多渠道争取科研经费，特别是集中优势多方位申报国家或省部级重大课题，使科研经费逐年上升。2000年以来纵向科研经费达4276万元，其中作为国家十五科技攻关计划的防止艾滋病重大课题总负责人和牵头单位，仅此一项直接经费就达2400万元。近五年来，我院获省部级科技成果奖58项，申请专利10项。同时，与企业联合的横向经费也不断增加，正在逐步形成产学研联合，共同开展科学研究的良性循环。
学院十分重视科技成果的转化，研制开发的小儿泻速停、热速清、寒痹停、镇心痛、复方冬凌草含片、归元健脑片、灵蓝口服液、白虎羚退热散等中药新药已投入市场，产生了良好的社会效益和经济效益，为中医药产业发展作出了贡献。
办学条件
学院设有12个直属二级学院，另有美豫国际中医学院、针灸推拿职业学院（洛阳)2所联合办学的二级学院。建立了艾滋病研究所、肝病研究所、老年医学研究所、中风病治疗中心、心血管病研究所、肿瘤病研究所、儿科研究所、中药研究所、针灸推拿研究所、仲景学术研究中心等20余个研究机构；实验大楼建筑面积1万m2，设有分析测试中心、中医药与分子生物学实验室、药理药效实验室等院级实验室，教学科研仪器设备价值10158万元，建有600 m2符合国家清洁级标准的动物实验中心，水浸标本室有各类中药及水浸标本5000多种，所藏水浸标本在全国同类院校中规模最大，制作技术最先进，在国内外有一定的影响。图书馆藏书61.2万册，国内外各种期刊1370余种。并拥有现代电子图书系统、计算机网络服务系统和中医药文献检索中心。学院主办的省级学术期刊《河南中医》、《河南中医学院学报》在国内外公开发行，其中《河南中医》2004年获得了国家教育部全国高校科技期刊评比一等奖。
学院有三所附属医院，总床位1632张，集教学、医疗、科研于一体，是全省中医药的龙头、中心和我院的临床教学基地。第一、第二附属医院为全国三级甲等医院，其中一附院为全国百佳医院、全国示范中医院、卫生部中药临床药理基地、全国中药制剂及剂型改革基地，新落成的26层病房大楼设置床位1022张，是河南省重点建设项目，建筑面积4万m2；第二附属医院是一所集医疗、教学、科研为一体的现代化综合性中医院。医院设备先进，环境优美，医术高超，服务一流，设有病床500张；第三附属医院以针灸推拿为特色，有数十名国家级、省级专家坐诊，为省级中医院。学院的56所非直属附属医院和教学实习医院，为学生提供了可靠的后期临床、科研、教学保证。
学位与研究生教育
河南中医学院是国务院学位委员会首批批准的硕士学位授权单位之一，1979年开始招收硕士研究生，1996年开始招收海外留学研究生，同年被批准为有权开展同等学力人员申请硕士学位的工作单位，2000年被批准为临床医学专业硕士学位试点单位，2003年被批准为联合培养博士研究生单位。至今共招收培养硕士研究生24届926人，并已招收培养海外留学研究生共29人。目前共有硕士学位授权点21个，涵盖了中医学、中西医结合医学、中药学、药学、基础医学等5个一级学科，硕士点总数在全国中医药院校中居第2位。
近年来，我院的研究生招生规模逐年扩大，平均增幅达30%以上，招生规模和初试上线人数在全国中医药院校中也居于前列。2005年报考我院硕士研究生的人数为845人，与2004年相比增幅达35.5%，远远高于全国平均增幅（24.1%)。
学院先后制定并多次修订学位与研究生教育的各项规章制度，研究生教育日趋制度化、规范化、科学化，研究生培养质量和学位授予质量不断提高。跟踪调查显示，我院毕业的研究生多数分布在省级以上医疗、教学和科研单位，多数已成为所在单位的业务骨干。硕士毕业生每年考取博士研究生者约占35%。
1997年起开始与兄弟单位联合招收培养博士生。目前共有7个专业的15名博士生导师分别与北京中医药大学、上海中医药大学等单位联合培养博士生。现已联合招收培养博士生8届共35人。
对外交流
河南中医学院在海外具有较高的知名度，毕业生分布于美国、英国、德国、法国、俄罗斯、新加坡、加拿大、澳大利亚、日本、瑞士、赞比亚等20个国家和地区，他们娴熟的技术和扎实的传统医学功底，受到所在国国民的青睐。我院对外交流与合作不断发展，近年来接待了来自韩国、日本、美国、英国、澳大利亚、瑞士、巴西、意大利、奥地利及港澳台地区的多批访问学者，并与澳大利亚科廷科技大学、日本滨松大学、韩国大邱韩医大学等开展了联合办学和技术合作。已与纽约大学医学院联合举办了“美豫国际中医学院”，与韩国医学专家金宗赫在仲景故乡合作创办了“中韩云阳传统中医药职业技术学校”。为积极开展海外教育，现有海外留学生和港澳台学生135人。通过加强对外合作与交流，学院为向全世界广泛传播中医药培养了大批优秀人才。
