学院现有国家级精品课程9门，北京市级精品课程10门；2005年和2009年分别有两项教学成果和一项教学成果获国家级教学成果二等奖、北京市一等奖；2010年学院被评为”北京市模范集体；2006年和2008年生物医学实验教学中心分别被评为“北京市高等学校实验教学示范中心”和“国家级高等学校实验教学示范中心”； 2007年、2008年和2010年病理学、免疫学及人体解剖学分别被评为“教育部双语教学示范课程”；2007年和2010年“生理学科创新人才培养教学团队”被评为北京市优秀教学团队及国家级教学团队，2009年“生物化学与分子生物学学科创新人才培养教学团队” 被评为北京市级优秀教学团队及国家级教学团队； 2008年“基础医学”专业被评为北京市特色专业；有5人获北京市教学名师奖,2011年有1人获宝钢教育基金会优秀教师特等奖。
在科研方面，学院主要从事生物医学领域的基础及应用基础研究，拥有雄厚的科学研究综合实力。2000年-2011年获得各类科技成果奖103项。其中国家自然科学奖2项、部委和北京市科技进步奖29项、国家及国际发明专利50项、其他科技成果奖36项；2005年-2011年发表科研论文2218篇，SCI收录刊物发表论文1179篇，包括《Cell》、《Nature》、《Nature Cell Biology》和《Nature Neuroscience》等。2005年-2011年承担各类科研课题（科技项目)757项，共获科研经费约53887万元。其中承担“973和国家重大科学研究计划”项目28项，资助经费合计8746万元；承担“863计划”项目15项，批准经费合计5487万元；承担“国家科技重大专项”课题8项www.med126.com，资助经费合计5523万元；获得国家自然科学基金项目224项，资助经费合计15677万元；获得教育部科学基金项目115项，资助经费合计3790万元；获得北京市科技项目65项，资助经费合计1998万元。
学院近年来逐渐加强生物技术和医药产品的研究开发及与国内外大型医药企业的合作，在科技开发工作中也取得一些重大进展。在基因工程药物、肿瘤的免疫治疗、自身免疫病治疗www.med126.com、心血管疾病的基因治疗、干细胞治疗神经系统退行性疾病和角膜疾病、诊断试剂研制等领域，一批新开发项目已取得动物实验或临床试用的良好效果，具有很好的应用前景。
学院还十分重视国际间的交流与合作，注重借鉴世界先进的医学研究成果和教学经验，不断提高自身整体办学水平。已与几十所世界一流医学院校和科研机构开展了项目合作研究、人员交流、合作举办国际会议等多种形式的合作交流，建立了广泛的深层次联系。
历经50年的发展历程，现在的北京大学基础医学院已成为国内著名的、以发展多层次基础医学教育、研究人类生命科学和防治疾病的基础理论为主要目标的教学科研中心之一，是国家基础医学领域高级专门人才的培训基地之一。
