为吸引优秀生源，充分发挥研究生在学校自主创新中的重要作用，形成有利于激发研究生创新热情和创新实践的培养机制和资助机制，全面提高研究生培养质量,东南大学将于2007年试行研究生培养机制改革,出台研究生培养基金管理办法，推行新的研究生奖学金和助研金制度。从此，沿用多年的研究生培养类别将停止使用，研究生不再有国家“计划内”和“计划外”之分，只分全日制和非全日制研究生,培养基金用于奖励和资助全日制研究生(单位委托培养研究生除外)。
本着研究生培养过程中“创新是灵魂，科学研究主导是核心，导师负责制是基础”的指导思想，遵循“转变观念、改革机制，理顺关系、统筹资源，激发创新、提高质量”的原则，研究生培养机制改革涵盖了研究生教育活动中的方方面面，涉及到从研究生招生到授予学位的各个环节。
作为研究生培养机制改革的一个重要部分，东南大学设立了研究生培养基金，培养基金实行奖助学金和“助研”岗位制，集中管理，统筹使用。硕士生奖助学金分为四个等级:一等每年1.6万元，二等每年1.2万元,三等每年0.8万元,四等每年0.4万元。同时设立了基础类、人文社科类及医学等学科硕士研究生专项基金，以资助研究生的培养。博士生培养基金分为A、B两级，每年根据生源情况动态调整，其中A级为每年2.2万元，B级为每年1.8万元。此外学校还设立了博士研究生创新研究基金和国际学术交流基金以及“三助”工作岗位。医.学.全.在.线www.med126.com
研究生培养基金采取导师和研究生申报制，学校组织评审。原则上，入学当年主要根据研究生的入学成绩及综合表现确定基金等级，硕士生一、二等奖助学金主要提供给推荐免试研究生和入学综合成绩名列前茅的研究生，以后将会由院系和导师根据研究生的学习成绩和科研业绩一年一评，学校按研究生培养基金管理办法实行动态管理。
新的研究生奖学金和助研金制度是研究生培养机制改革的重要举措之一，在支持面上超过了培养机制改革之前，博士研究生享受奖助研金的覆盖面为100%，硕士研究生享受奖助学金的覆盖面超过90%。
通过研究生培养机制改革，一方面健全与强化导师负责制，明确导师责任，更好地发挥导师的主导作用，将人才培养与科学研究紧密结合起来；另一方面明确研究生自身的责任和义务，并通过有效的资助机制，保障研究生的切身利益和基本生活条件，为研究生营造一个良好的创新环境。