近年来，科左中旗高度重视农村医疗卫生工作，采取多种措施加快基层医疗卫生服务体系建设，取得了显著成效。
一是进一步加强基础设施建设。2006年利用国债专项资金对21所基层卫生院进行改扩建，项目总投资728万元，完工总面积11565平方米。2007年，又引进资金215万元新建和改扩建了4家基层卫生院；卫生系统引进设备总价值为859万元，为4所中心卫生院配备了救护车，解决了部分卫生院医疗设备老化，难以适应群众诊疗需求的问题。2006年以来，全旗新建、改扩建103个嘎查村卫生室，建筑面积13000余平方米，提升了基层卫生网底功能。
二是新型农村牧区合作医疗制度平稳高效运行。新农合实施两年来，新农合补偿政策不断调整，补偿幅度进一步提升，参合农牧民更加受益。2007年-2008年10月份，全旗累计获大病补偿26990人次，补偿金额达3443.73万元，有效解决了农牧民群众因病致贫、因病返贫问题。
三是解决了基层卫生院防保人员和退休职工的工资问题。2007年卫生系统又利用卫生事业费解决了卫生院在编人员和退休人员的养老保险问题，解决了职工的后顾之忧。
近几年来，该旗通过农村卫生五项建设，即重点卫生院建设、标准化嘎查村卫生室建设、卫生院院长现场培训、基层卫生院专业技术人员培训，乡村医生继续教育培训等一系列措施，使苏木镇场卫生院、卫生室基本达到了人员、房屋、设备、管理四配套，大大加强了基层医疗卫生体系建设。
