感染HIV患者常发生进行性全血细胞减少(贫血，血小板减少，白细胞减少)。其病理生理机制是由多种因素参与，诸如HIV直接作用于造血祖细胞；骨髓微环境的改变和外周血细胞免疫功能的损害。这些病变的严重程度与叠加在艾滋病基础上的感染或恶性疾病以及抗病毒，抗生素和抗肿瘤治疗所致的骨髓抑制有关。
艾滋病与恶性疾病发病率的增高直接相关。在HIV感染者中，卡波西肉瘤，非霍奇金淋巴瘤和宫颈癌是艾滋病限定的病变。其他伴随艾滋病的癌肿包括霍奇金病和睾丸癌，肛门癌，黑色素瘤，非黑色素瘤性皮肤癌，肺癌和原发性中枢神经系淋巴瘤。横纹肌肉瘤作为感染HIV儿童患者的一种罕见的并发症已见报告。
骨髓检查
感染HIV患者骨髓检查的指征包括评估全血细胞减少；恶性疾病的分期；和进行培养以检查隐匿性感染，通过骨髓检查可检测鸟胞内分枝杆菌，结核分枝杆菌，隐球菌，组织胞浆菌，毒浆虫，细胞巨病毒，人微小病毒B19，卡氏肺囊虫和利什曼原虫。
艾滋病的骨髓形态学是非特异性，尽管外周全血细胞减少，但大多数患者骨髓细胞增生正常或增生活跃。常见浆细胞轻度到中度增多，淋巴系细胞聚集，组织细胞增多和造血细胞异常增生。铁贮备正常或增多(如存在铁再利用障碍)。
40%住院艾滋病患者抗球蛋白的直接试验阳性，表明IgG或补体存在于受累的红细胞表面，但试验结果与临床溶血往往无关。
感染HIV患者在无出血情况下，可存在狼疮抗凝物质和活化部分凝血活酶时间延长。这些异常对原有出血倾向(血小板减少，血小板功能异常，低凝血酶血症)的患者有较重要的临床意义。此凝血缺陷也可发生血栓形成。
