通常，胃肠道粘膜受多种机制保护：(1)粘膜可产生粘液和HCO3-，在胃腔(低pH)和胃粘膜(高pH)之间可产生一pH梯度，粘液可为胃酸和胃蛋白酶扩散的屏障；(2)上皮细胞可通过膜转运系统清除过多的氢离子(H+)，也可通过紧密联合防止H+的逆扩散；(3)粘膜血流可清除扩散至上皮层的过多的酸。多种生长因子(如表皮生长因子，胰岛素样生长因子Ⅰ)和前列腺素与粘膜修复和维持粘膜完整有关。
