所谓抗原，是指能在体内引起免疫反应的物质；某一物质能否成为抗原，首先是由它本身的某些性质决定的。凡是具有抗原性的物质多数是蛋白质，其结构较复杂，分子量较大，具有异物性（抗原与所刺激的机体自身物质的差异)等等。而病原微生物及其毒素、异种天然蛋白质等多具有上述性质，所以都是良好的抗原。
例如，细菌、病毒等能引起机体产生相应的抗体。事实上，每种微生物均为由各种抗原成分组成的复合物。以细菌为例，它的不同结构（细胞壁、鞭毛、菌体等)分别由不同抗原成分组成，而每一具体结构（如菌体)又由多种抗原组成。有些细菌代谢产物（如外毒素)抗原性也很强。在医学买验中，可用甲醛使外毒素脱毒后成为类毒素。脱毒作用既改变了外毒素与细胞结合的能力，又清除了它的极强的毒性作用。这种类毒素仍保留了抗原性，可引起抗毒素的产生，因而可用于人工免疫。所以，一般微生物是不易穿入组织内的，皮肤、粘膜除了能机械地阻挡微生物的侵入外，皮肤的附属器，如汗腺可分泌乳酸，皮脂腺可分泌不饱和脂肪酸，它们都有微弱的杀菌作用。粘膜的分泌物也有杀菌作用。如泪液和唾液内含有溶菌酶，能杀死某些革兰氏阳性细菌：气管和支气管的柱状纤毛上皮细胞的小纤毛不停地向外摆动，把吸入的细菌排至喉头，咯出体外。此外，皮肤、粘膜的正常菌群也起到一定的保护作用。
当皮肤、粘膜这道防线出了毛病时，微生物就会乘机侵入体内组织中。这时，首先由局部的吞噬细胞奋起迎战，还有更多的吞噬细胞从其它部位调来参战。因为体内到处遍布吞噬细胞，有的驻扎在一定的部位站岗放哨，有的在全身巡逻，随时警惕着来犯之敌，微生物的一些产物也会把吞噬细胞吸引过来，犹如花香把蜜蜂吸引过来那样。而且吞噬细胞并不是孤军作战，体液内的其它杀菌物质，如抗体和补体除了能参与杀菌、抑菌外，还能与吞噬细胞协同作战。还有白细胞产生的溶菌酶、干扰素以及其它细胞因子，它们都共同发挥抗微生物作用，此外，体内还有一些特殊的组织结构，严密而又巧妙地构成机体的内部屏障，保护着重要的器官。
人体内除了有以上这些非专业队伍外，还有专业队伍，即特异性免疫细胞，它们受过专门训练，其作用有针对性或专一性。例如我们的免疫器官受伤寒杆菌侵袭后，受到了训练，产生了抗伤寒杆菌的抗体和免疫淋巴细胞，因而抗伤寒的能力大大加强了，当人体的防御系统因某些原因而削弱，或微生物的毒力较强、数量较多，敌强我弱时，疾病就会发生。
