（一)管理制度
1.引种来源清楚，应带有谱系及特性资料（如近交代数、交配方式、遗传组成、生物学特性)，并应符合国际公认的遗传概貌标准。
2.按国际规定的近交系动物的繁殖系统，进行种群维持和生产。
（1)基础群和血缘扩大群：
应以同胞兄妹交配方法进行。基础群的维持一定按着近交系的保种方法进行，并应具有谱系及个体卡片记录。
（2)生产群：
以随机交配方法（或红绿灯方法)进行生产。可连续繁殖3-5代，其生产群种鼠应与基础群血缘关系保持相对平行。
（二)遗传质量检查
1.方法的选择：
（1)异体皮肤移殖法：无论是大鼠，还是小鼠异体皮肤移植的方法，一直是鉴定近交品系的经典方法，由于该方法既经济，又权威，为首选方法。
（2)生化电泳方法：是近些年来利用同功酶和蛋白质的多态性对近交系动物进行遗传监测的一种常规方法。由于其快速、准确、灵敏，在检出亚系动物时，比起皮肤移殖法，有其独特之处，可作为近交系小鼠遗传质量检查的又一重要方法。
2.位点的选择：
近交系动物遗传品质的变异，主要有三方面的因素：
（1)遗传污染；
（2)遗传漂变；
（3)遗传突变。
在这三方面中遗传污染危害最大，而另两方面，在一定时间内发生改变的频率很低。因此，在位点选择上，根据北京市现在常用的10种近交系小鼠，选择了位于7个染色体上八个差异性位点，作为检查的第一线位点。如果任何一种品系发生过遗传污染，这八个位点中某些位点将会出现杂合或者变异。考虑到位点的选择尽量分布在多个染色体上，我们又选择了位于5个染色体上的五个比较容易操作，耗资较少的位点作为第二线位点的检查。原则上，第一线位点的检查如果发现了问题，将不再进行第二线位点的检查。
第一线位点：
Hbb,Car-2,Gpd,ES-1,ES-3,Trf,Gp1,ldh-1。
第二线位点：
Mup,Pgm-1,ES-10,Sep-1,Ce-2。
3.动物的选择：
近交系大、小鼠每个品系至少进行四只动物的异体皮肤移植。近交系小鼠皮肤移植成功者还需从核心群中选送四只动物（2♀，2♂年龄不限)进行生化位点的检查。皮肤移植失败者，则不考虑进行生化位点的检查。
4.结果的判断：
将检测报告汇总，由专家小组作出结论。
见附表五：差异性位点的选择和10种近交系小鼠的遗传概貌。
表五
| Chromosome Locus/Strain | 7 | 3 | 4 | 8 | 11 | 9 | 7 | 1 |
| Hbb | Car-2 | Gpd | ES-1 | ES-3 | Trf | Gpi | Ldh-1 | |
| 615 | S | a | b | b | O | b | a | a |
| TA1 | S | b | b | a | a | b | a | |
| Ta2 | d | a | b | b | c | b | b | a |
| T739 | S | b | b | b | O | b | a | a |
| BALA/C | d | b | b | b | a | b | a | a |
| C57BL/O | S | a | a | a | a | b | b | a |
| CBA/N | d | a | b | b | c | a | b | b |
| C3H/He | d | b | b | b | c | b | b | a |
| DBA/2 | d | b | b | b | c | b | a | b |
| KK | S | a | a | b | c | b | b | a |
