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生化笔记--沈同(适用第2版及第3版)第十一章 核酸的降解和核苷酸代谢

更新时间:2006/7/17 医学考研论坛 在线题库 评论

 

第十一章  核酸的降解和核苷酸代谢
核酸的生物功能 DNA、RNA
核苷酸的生物功能
①合成核酸
②是多种生物合成的活性中间物
  糖原合成,UDP-Glc。磷脂合成,CDP-乙醇胺,CDP-二脂酰甘油
③生物能量的载体ATP、GTP
④腺苷酸是三种重要辅酶的组分
NAD、FAD、CoA
⑤信号分子cAMP、cGMP
食物中的核酸,经肠道酶系降解成各种核苷酸,再在相关酶作用下,分解产生嘌呤、嘧啶、核糖、脱氧核糖和磷酸,然后被吸收。
吸收到体内的嘌呤和嘧啶,大部分被分解,少部分可再利用,合成核苷酸。
人和动物所需的核酸无须直接依赖于食物,只要食物中有足够的磷酸盐,、糖和蛋白质,核酸就能在体内正常合成。
核酸的分解代谢:
第一节   核酸和核苷酸的分解代谢
一、 核酸的酶促降解
核酸是核苷酸以3’、5’-磷酸二酯键连成的高聚物,核酸分解代谢的第一步就是分解为核苷酸,作用于磷酸二酯键的酶称核酸酶(实质是磷酸二脂酶)。
根据对底物的专一性可分为:核糖核酸酶、脱氧核糖核酸酶、非特异性核酸酶。
根据酶的作用方式分:内切酶、外切酶。
1、 核糖核酸酶
只水解RNA磷酸二酯键的酶(RNase),不同的RNase专一性不同。
牛胰核糖核酸酶(RNaseI),作用位点是嘧啶核苷-3’-磷酸与其它核苷酸间的连接键。
核糖核酸酶T1(RNaseT1),作用位点是3’ -鸟苷酸与其它核苷酸的5’-OH间的键。
      图
2、 脱氧核糖核酸酶
只能水解DNA磷酸二酯键的酶。DNase牛胰脱氧核糖核酸酶(DNaseI)可切割双链和单链DNA。产物是以5’-磷酸为末端的寡核苷酸。
牛胰脱氧核糖核酸酶(DNaseⅠ),降解产物为3’-磷酸为末端的寡核苷酸。
限制性核酸内切酶:细菌体内能识别并水解外源双源DNA的核酸内切酶,产生3ˊ-OH和5ˊ-P。
      图

PstⅠ切割后,形成3ˊ-OH 单链粘性末端。
EcoRⅠ切割后,形成5ˊ-P单链粘性末端。
3、 非特异性核酸酶
既可水解RNA,又可水解DNA磷酸二酯键的核酸酶。
小球菌核酸酶是内切酶,可作用于RNA或变性的DNA,产生3’-核苷酸或寡核苷酸。
蛇毒磷酸二酯酶和牛脾磷酸二脂酶属于外切酶。
蛇毒磷酸二酯酶能从RNA或DNA链的游离的3’-OH逐个水解,生成5’-核苷酸。
牛脾磷酸二脂酶从游离的5’-OH开始逐个水解,生成3’核苷酸。
二、 核苷酸的降解
1、 核苷酸酶 (磷酸单脂酶)
水解核苷酸,产生核苷和磷酸。
非特异性磷酸单酯酶:不论磷酸基在戊糖的2’、3’、5’,都能水解下来。
特异性磷酸单酯酶:  只能水解3’核苷酸或5’核苷酸(3’核苷酸酶、5’核苷酸酶)
2、 核苷酶
两种:
① 核苷磷酸化酶:广泛存在,反应可逆。


② 核苷水解酶:主要存在于植物、微生物中,只水解核糖核苷,不可逆


三、 嘌呤碱的分解
P301  图18-2嘌呤碱的分解
首先在各种脱氨酶的作用下水解脱氨,脱氨反应可发生在嘌呤碱、核苷及核苷酸水平上。

P 299  反应式

不同种类的生物分解嘌呤碱的能力不同,因此,终产物也不同。
排尿酸动物:灵长类、鸟类、昆虫、排尿酸爬虫类
排尿囊素动物:哺乳动物(灵长类除外)、腹足类
排尿囊酸动物:硬骨鱼类
尿素动物:大多数鱼类、两栖类
某些低等动物能将尿素进一步分解成NH3和CO2排出。
植物分解嘌呤的途径与动物相似,产生各种中间产物(尿囊素、尿囊酸、尿素、NH3)。
微生物分解嘌呤类物质,生成NH3、CO2及有机酸(甲酸、乙酸、乳酸、等)。
四、 嘧啶碱的分解
P302  图18-3  嘧啶碱的分解

人和某些动物体内脱氨基过程有的发生在核苷或核苷酸上。脱下的NH3可进一步转化成尿素排出。

第二节   嘌呤核苷酸的合成
一、 从头合成
由5’-磷酸核糖-1’-焦磷酸(5’-PRPP)开始,先合成次黄嘌呤核苷酸,然后由次黄嘌呤核苷酸(IMP)转化为腺嘌呤核苷酸和鸟嘌呤核苷酸。
嘌呤环合成的前体:CO2 、甲酸盐、Gln、Asp、Gly

P303  图18-4 嘌呤环的元素来源及掺入顺序
A.  Gln提供-NH2:N 9
B.  Gly:C4、C5、N7
C.  5.10-甲川FHFA:C8
D.  Gln提供-NH2:N3
闭环
E   CO2:C 6
F.  Asp提供-NH2:N 1
G  10-甲酰THFA:C 2

1、 次黄嘌呤核苷酸的合成(IMP)     P306图18-5


(1)、 磷酸核糖焦磷酸转酰胺酶(转氨)
5-磷酸核糖焦磷酸  +  Gln  → 5-磷酸核糖胺  +  Glu  +  ppi
使原来α-构型的核糖转化成β构型
(2)、 甘氨酰胺核苷酸合成酶
5-磷酸核糖胺+Gly+ATP  →  甘氨酰胺核苷酸+ADP+Pi
(3)、 甘氨酰胺核苷酸转甲酰基酶
甘氨酰胺核苷酸  +  N 5 N 10-甲川FH4  +  H2O  → 甲酰甘氨酰胺核苷酸  +  FH4
甲川基可由甲酸或氨基酸供给。
(4)、 甲酰甘氨脒核苷酸合成酶
甲酰甘氨酰胺核苷酸 + Gln + ATP + H2O → 甲酰甘氨脒核苷酸 + Glu + ADP + pi
此步反应受重氮丝氨酸和6-重氮-5-氧-正亮氨酸不可逆抑制,这两种抗菌素与Gln有类似结构。
P 304 结构式:重氮丝氨酸、6-重氮-5-氧-正亮氨酸
(5)、 氨基咪唑核苷酸合成酶
甲酰甘氨脒核苷酸  +  ATP → 5-氨基咪唑核苷酸  +  ADP  +  Pi
   

(1)~(5)第一阶段,合成第一个环(6)、 氨基咪唑核苷酸羧化酶
5-氨基咪唑核苷酸+CO2  → 5-氨基咪唑-4羧酸核苷酸
(7)、 氨基咪唑琥珀基氨甲酰核苷酸合成酶
5-氨基咪唑-4-羧酸核苷酸+Asp+ATP → 5-氨基咪唑4-(N-琥珀基)氨甲酰核苷酸
(8)、 腺苷酸琥珀酸裂解酶
5-氨基咪唑-4-(N-琥珀基)氨甲酰核苷酸 → 5-氨基咪唑-4-氨甲酰核苷酸+延胡索酸
(9)、 氨基咪唑氨甲酰核苷酸转甲酰基酶
5-氨基咪唑-4-氨甲酰核苷酸+N10-甲酰FH4 → 5-甲酰胺基咪唑-4-氨甲酰核苷酸+FH4
(10)、 次黄嘌呤核苷酸环水解酶
5-甲酰胺基咪唑-4-氨甲酰核苷酸 → 次黄嘌呤核苷酸+H2O
总反应式:
5-磷酸核糖 + CO2 + 甲川THFA + 甲酰THFA + 2Gln + Gly + Asp + 5ATP →
IMP + 2THFA + 2Glu + 延胡索酸 + 4ADP + 1AMP + 4Pi + PPi
2、 腺嘌呤核苷酸的合成(AMP)   P306图18-5
从头合成:CO2 、2个甲酸盐、2个Gln、1个Gly、(1+1)个Asp、(6+1)个ATP,产生2个Glu、(1+1)个延胡索酸。
 
Asp的结构类似物羽田杀菌素,可强烈抑制腺苷酸琥珀酸合成酶的活性,阻止AMP生成。
羽田杀菌素: N-羟基-N-甲酰-Gly  (P307)
3、 鸟嘌呤核苷酸的合成   (P307结构式)

 

4、 AMP、GMP生物合成的调节  P309图18-6
5-磷酸核糖焦磷酸转酰胺酶是关键酶,可被终产物AMP、GMP反馈抑制。
AMP过量可反馈抑制自身的合成。
GMP过量可反馈抑制自身的合成。
5、 药物对嘌呤核苷酸合成的影响
筛选抗肿瘤药物,肿瘤细胞核酸合成速度快,药物能抑制。
①羽田杀菌素
与Asp竞争腺苷酸琥珀酸合成酶,阻止次黄嘌呤核苷酸转化成AMP。
②重氮乙酰丝氨酸、6-重氮-5-氧正亮氨酸,是Gln的结构类似物,抑制Gln参与的反应。
③氨基蝶呤、氨甲蝶呤
结构P314

叶酸的结构类似物,能与二氢叶酸还原酶发生不可逆结合,阻止FH4的生成,从而抑制FH4参与的各种一碳单位转移反应。
二、 补救途径
利用已有的碱基和核苷合成核苷酸
1、 磷酸核糖转移酶途径(重要途径)
嘌呤碱和5-PRPP在特异的磷酸核糖转移酶的作用下生成嘌呤核苷酸
2、 核苷激酶途径(但在生物体内只发现有腺苷激酶)
腺嘌呤在核苷磷酸化酶作用下转化为腺嘌呤核苷,后者在核苷磷酸激酶的作用下与ATP反应,生成腺嘌呤核苷酸。
嘌呤核苷酸的从头合成与补救途径之间存在平衡。Lesch-Nyan综合症就是由于次黄嘌呤:鸟嘌呤磷酸核糖转移酶缺陷,AMP合成增加,大量积累尿酸,肾结石痛风

第三节  嘧啶核苷酸的合成
一、 从头合成
与嘌呤核苷酸合成不同,在合成嘧啶核苷酸时,首先合成嘧啶环,再与磷酸核糖结合,生成尿嘧啶核苷酸,最后由尿嘧啶核苷酸转化为胞嘧啶核苷酸和胸腺嘧啶脱氧核苷酸。
合成前体:氨甲酰磷酸、Asp  (P309图18-7嘧啶环的元素来源)
1、 尿嘧啶核苷酸的合成   P310  图18-8
氨甲酰磷酸的合成


(1) 天冬氨酸转氨甲酰酶


(2) 二氢乳清酸酶


(3) 二氢乳清酸脱氢酶(辅基:FAD、FMN)


(4) 乳清苷酸焦磷酸化酶


(5) 乳清苷酸脱羧酶


2、 胞嘧啶核苷酸的合成
尿嘧啶核苷三磷酸可直接与NH3(细菌)或Gln(植物)反应,生成胞嘧啶核苷三磷酸。

 


3、 嘧啶核苷酸生物合成的调节(大肠杆菌)
P 311 图18-9大肠杆菌嘧啶核苷酸生物合成的调节

氨甲酰磷酸合成酶:  受UMP反馈抑制
天冬氨酸转氨甲酰酶:受CTP反馈抑制
CTP合成酶:        受CTP反馈抑制
4、 药物对嘧啶核苷酸合成的影响
有多种嘧啶类似物可抑制嘧啶核苷酸的合成。
5-氟尿嘧啶抑制胸腺嘧啶脱氧核苷酸的合成。
5-氟尿嘧啶在人体内转变成相应的核苷酸,再转变成脱氧核苷酸,可抑制脱氧胸腺嘧啶核酸合成酶,干扰尿嘧啶脱氧核苷酸经甲基化生成脱氧胸苷的过程,DNA合成受阻。
二、 补救途径
(1) 嘧啶核苷激酶途径(重要途径)
嘧啶碱与1-磷酸核糖生成嘧啶核苷,然后由尿苷激酶催化尿苷和胞苷形成UMP和CMP。

 

(2) 磷酸核糖转移酶途径(胞嘧啶不行)


第四节   脱氧核苷酸的合成
脱氧核糖核苷酸是由相应的核糖核苷酸衍生而来的。
(1)腺嘌呤、鸟嘌呤和胞嘧啶核糖核苷酸经还原,将核糖第二位碳原子的氧脱去,即成为相应的脱氧核糖核苷酸。
(2)胸腺嘧啶脱氧核糖核苷酸:先由尿嘧啶核糖核苷酸还原形成尿嘧啶脱氧核糖核苷酸,然后尿嘧啶再经甲基化转变成胸腺嘧啶。
一、 核糖核苷酸的还原
ADP、GDP、CDP、UDP均可分别被还原成相应的脱氧核糖核苷酸:dADP、dGDP、dCDP、dUDP等,其中dUDP甲基化,生成dTDP。
还原反应一般在核苷二磷酸(NDP)水平上进行,ATP、dATP、dTTP、dGTP是还原酶的变构效应物,个别微生物(赖氏乳菌杆菌)在核苷三磷酸水平上还原(NTP)。
1、 核苷酸还原酶系  P312 图示
由硫氧还蛋白、硫氧还蛋白还原酶和核苷酸还原酶(B1、B2)三部分组成。
B1、B2亚基结合后,才具有催化活性。
B1上的巯基和B2上的氨酸残基是活性中心的催化基因。
另外核苷酸还原酶所需的还原当量还可来自谷胱甘肽。

①硫氧还蛋白  -SH
②硫氧还蛋白还原酶、辅酶FAD
③谷胱甘肽氧还蛋白(酶)
④谷胱甘肽还原酶  -SH
⑤核苷酸还原酶(RR)-SH
2、 核苷酸还原酶结构模型及催化机理
(1)、 结构模型
  图

B1亚基上有两个调节部位,一个影响整个酶的活性(一级调节部位),另一个调节对底物的专一性(底物结合部位)
一级调节部位:ATP是生物合成的信号分子,而dATP是核苷酸被还原的信号。
底物调节部位:.①与ATP结合,可促进嘧啶类的UDP、CDP还原成dUDP、dCDP;②与dTTP或dGTP结合,可促使GDP(ADP)还原成dGDP(dADP)
(2)、 催化机理  自由基催化转换模型。
3、 脱氧核苷酸的补救(脱氧核苷激酶途径)
脱氧核苷酸也能利用已有的碱基或核苷进行合成(补救途径),但只有脱氧核苷激酶途径,不存在类似的磷酸核糖转移酶途径


二、 胸腺嘧啶脱氧核苷酸的合成
由尿嘧啶脱氧核苷酸(dUMP)经甲基化生成。
Ser提供甲基,NADPH提供还原当量。

 

四氢叶酸是一碳的载体,参与嘌呤核苷酸和胸腺嘧啶脱氧核苷酸的合成。
氨基嘌呤、氨甲蝶呤是叶酸的类似物,能与二氢叶酸还原酶不可逆结合,阻止FH4的生成,从而抑制FH4参与的一碳单位的转移。可用于抗肿瘤。
三、 核苷酸合成总结     P314图18-10
第五节   辅酶核苷酸的生物合成
NAD、NADP、 FMN、 FAD、 CoA
一、 烟酰胺核苷酸的合成(NAD 、NADP)
NAD、NADP是脱氢辅酶,在生物氧化还原系统中传递氢。
合成途径:
(1)烟酸单核苷酸焦磷酸化酶
(2)脱酰胺-NAD 焦磷酸化酶
(3)NAD合成酶
  图

NADP的合成:NAD激酶催化NAD与ATP反应,使NAD的腺苷酸残基的核糖2’-OH磷酸化,生成NADP。
二、 黄素核苷酸的合成(FMN、FAD)
   图

三、 辅酶A的合成
CoA-SH   P 317图18-11

前体:腺苷酸、泛酸、巯基乙胺、磷酸
途径:   (1)泛酸激酶
         (2)磷酸泛酰半胱氨酸合成酶
         (3)磷酸泛酰半胱氨酸脱羧酶
         (4)脱磷酸辅酶A焦磷酸化酶
         (5)脱磷酸辅酶A激酶
      图
代谢途径的相互联系 P420图22-1

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